Ibnu Ata’ yang beriktikad seperti Al-Hallaj telah dituduh sebagai seorang ahli bid’ah oleh Wazir bin Isa . Ibnu Ata’ telah menjawab segala tuduhan itu dengan kata-kata yang kasar sehingga menyebabkan Wazir Ali marah dan meradang. Dia telah memanggil hamba-hambanya agar memukul Ibnu Ata’ dengan kasutnya sehingga mati. Kepala Ibnu Ata’ pecah-pecah, mukanya lebam dan darah mengalir di sekujur tubuhnya.

Ketika dalam penyeksaan itu, Ibnu Ata’ mengutuk Wazir Ali dengan berdoa: “Semoga Allah memotong kaki dan tangan engkau.” Mendengar itu, Wazir Ali menjadi gerun dan takut, tapi dia malu untuk meminta maaf. Malah dia bertambah marah dan menyuruh agar penyiksaan terhadap tokoh sufi itu diperhebat sehingga Ibnu Ata’ wafat tujuh hari kemudian. Di suatu ketika apabila Ibnu Ata’ telah wafat, khalifah murka kepada Wazir Ali bin Isa dan memerintahkan agar dia dihukum potong tangan dan kakinya. Maka dijalankanlah hukuman ke atas Wazir yang telah menyeksa Ibnu Ata’ itu. Kini Wazir Ali bin Isa telah menjadi kudung tangan dan kaki sesuai dengan doa Ibnu Ata’. Beberapa ulama sufi menyalahkan Ibnu Ata’ dengan berkata: “Jikalau melalui doa-doanya dia dapat memperbaiki manusia, mengapa dia mengutuk Wazir Ali bin Isa? Seharusnya dia mendoakan untuk keselamatannya.” Akan tetapi sesetengah tokoh sufi yang lain membela Ibnu Ata’ dengan berkata: “Mungkin sekali Ibnu Ata’ mengutuk si Wazir untuk membela kaum Muslimin yang lain kerana dia terkenal sebagai seorang wazir yang zalim.